1955年 中醫研究院附屬醫院（西苑醫院）成立。
1955年 第一期全國西醫離職學習中醫研究班在西苑醫院開班。
1956年 徐季含、黃竹齋等數十位全國各地知名中醫調入西苑醫院。
1957年 施奠邦、閻潤茗等全國第一期“中學西班”畢業的中醫專家分配來院。
1958年 呂維柏、周靄祥等全國第一期“西學中班”中西醫結合專家分配來院。
1962年 中醫研究院內科研究所遷入西苑醫院。
1963年 醫院更名為中醫研究院西苑醫院和中醫研究院內科研究所。
1973年 西苑醫院護士學校成立，設中醫護理、中藥專業。
1976年 開辦全國中醫研究班。
1978年 “冠心2號方治療心腦血管病及其作用原理的研究”等7個項目榮獲全國科學大會獎。
1980年 恢復第一臨床醫學研究所建制。
1981年 《中國中西醫結合雜志》創刊，編輯部設在西苑醫院。
1982年 “心肌細胞培養及其在中醫藥研究中的應用”榮獲衛生部甲級科學技術成果獎。
1983年 成為首批衛生部藥物臨床藥理研究基地和世界衛生組織傳統醫學合作中心。
1984年 中醫研究院研究生部成立，設在西苑醫院。
1985年 更名為中國中醫研究院西苑醫院。
1985年 成立“中國中醫研究院老年醫學研究所”。
1986年 新藥“胃瘍寧”轉讓給日本大正制藥株式會社。
1988年 新病房樓落成。
1991年 陳可冀當選中國科學院學部委員（院士）。
1994年 被評為“三級甲等中醫醫院”和“全國示范中醫醫院”。
1995年 成立“中國中醫研究院臨床藥理研究所”及博士后流動工作站。
1998年 WHO總干事布倫特蘭博士訪問西苑醫院。
1999年 成立“實驗研究中心”、“中醫藥保健研究中心”。
2000年 成立“GCP中心”，成為國家新藥（中藥）臨床試驗研究中心。
2001年 “方劑與證的藥物動力學研究”獲國家科學技術進步二等獎。
2003年 李連達當選中國工程院院士。
2003年 參與SARS防控，研制防治SARS西苑1號方，獲得衛生部嘉獎。
2003年 “血瘀證與活血化瘀研究”獲國家科學技術進步一等獎。
2005年 更名為中國中醫科學院西苑醫院。
2008年 整體改擴建工程動工。
2008年 成立汶川地震醫療救護隊奔赴災區參與救護工作。
2009年 創建國家中醫臨床研究基地。
2009年 醫療綜合樓竣工，作為門診周轉樓投入使用，后改名為“杏苑樓”。
2010年 倫理委員會通過FERCAP的SIDCER認證。
2012年 通過“三級甲等中醫醫院”復審。
2012年 成為中醫藥研究北京市國際科技合作基地。
2013年 新門診醫技樓投入使用。
2013年 被世界中醫藥學會聯合會倫理審查委員會授予“中醫藥臨床研究倫理審查平臺”。
2013年 成立“中國中醫科學院心血管病研究所”、“中國中醫科學院西苑醫院基礎醫學研究所”。
2013年 成立“北京市中西醫結合心血管病研究所”、“北京市中醫脾胃病研究所”。
2013年 “中澳中醫藥國際聯合研究中心”獲得科技部認證，成為國家國際科技合作基地。
2014年 與西悉尼大學共建的國家級國際聯合研究中心“中澳中醫藥國際聯合研究中心”掛牌。
2014年 活血化瘀防治心血管病研究團隊被授予“全國專業技術人才先進集體”。
2014年 陳可冀院士被授予“全國杰出專業技術人才”、“國醫大師”榮譽稱號。
2014年 許建中、周靄祥、翁維良被評為“首都國醫名師”。
2014年 麻柔榮獲中央國家機關“五一勞動獎章”。
2015年 北京市中西醫結合血液病研究所成立。
2015年 “冠心病‘瘀毒’病因病機創新的系統研究”獲國家科學技術進步獎二等獎。
2015年 “源于中醫臨床的中藥藥效評價體系構建與應用”獲國家科學技術進步二等獎。
2015年 與北京大學醫學部共建北京大學中醫藥臨床醫學院簽約并掛牌。
2015年 舉辦建院60周年系列慶?；顒?。
2016年 啟動中藥臨床療效和安全性評價國家工程實驗室建設。
2016年 陳可冀院士獲聘為國家衛生計生委科技創新戰略顧問。
2017年 獲AAHRPP最高級別認證“Full Accreditation”。
2017年 翁維良榮獲“全國名中醫”稱號。
2017年 麻柔榮獲全國衛生計生系統先進工作者。
2017年 鄧成珊、安效先、李淑良、張貽芳、周紹華、房定亞、聶莉芳、高普、蔡連香、魏子孝被評為“首都國醫名師”。
2017年 麻柔當選第六屆“首都十大健康衛士”。
2017年 獲“全國文明單位”稱號。
2018年 史大卓、劉建勛、李浩、楊宇飛、張允嶺、徐鳳芹、唐旭東被評為“岐黃學者”。
2018年 麻柔獲2018年2月度“中國好醫生”稱號。
2018年 獲批首批北京市老年友善醫院。
2019年 獲批國家中醫心血管病臨床醫學研究中心。
2019年 獲批國家衛生健康委腦卒中防治工程委員會“高級卒中中心建設單位”。
2019年 陳可冀院士榮獲2018年度“最美醫生”榮譽稱號。
2019年 入選國家區域醫療中心輸出醫院。
2020年 派出援鄂抗疫醫療隊、中醫國際醫療專家組、援疆專家開展新冠肺炎疫情防控，醫院獲“全國抗擊新冠肺炎疫情先進集體”榮譽稱號。
2020年 李浩獲全國優秀共產黨員，李浩、楊志旭、徐明獲“全國抗擊新冠肺炎疫情先進個人”稱號，楊志旭獲“國家衛健委抗疫先進個人”稱號，李靜獲“全國三八紅旗手”稱號，王冰獲“一線醫務人員抗疫巾幗英雄”稱號。
2020年 病房樓消防安全及節能系統改造、食堂裝修改造及地下人防改造項目竣工。
2021年 獲批國家區域醫療中心。
2021年 獲批國家醫學中心創建單位“輔導類”。
2021年 “中藥臨床療效和安全性評價”國家工程研究中心納入國家發展和改革委員會新序列管理；獲批北京市研究型病房示范建設單位；獲批第一批北京市臨床研究質量促進中心。
2021年 與石景山區人民政府簽署建設中國中醫科學院西苑醫院石景山院區合作協議。
